สมาคมต่อมไร้ท่อเด็กและวัยรุ่นไทย มีบทบาทในการริเริ่มให้มีการจัดการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านต่อยอดสาขาวิชากุมารเวชศาสตร์ต่อมไร้ท่อฯ ตั้งแต่ครั้งยังเป็นชมรมฯ โดยในระยะแรกสถาบันที่มีการฝึกอบรม ได้แก่ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี และคณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย หลักสูตรการฝึกอบรม 2 ปี และได้รับประกาศนียบัตรรับรองโดยราชวิทยาลัยกุมารแพทย์แห่งประเทศไทย
ในระยะแรกมีการจัดสอบทุก 2 ปี เนื่องจากแต่ละปีมีผู้เข้ารับการฝึกอบรมฯ น้อย (2-4 คน) ต่อมาจึงมีการจัดสอบทุกปี เนื่องจากมีผู้เข้ารับการฝึกอบรมฯ มากขึ้น (5-8 คน) และต่อมามีสถาบันฝึกอบรมเพิ่มเติม ได้แก่ วิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า คณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยขอนแก่น คณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ และคณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ และมีการพัฒนาหลักสูตรและได้รับวุฒิบัตรรับรองโดยแพทยสภาในปี พ.ศ. 2551 มีการตรวจประเมินสถาบันฝึกอบรมต่อเนื่องในปี พ.ศ. 2556 และ 2563 ตามลำดับ
